Source: SEAMEO BIOTROP's Research Grant | 2010
Abstract:
Analisis DNA mitokondria untuk menggali informasi keanekaragaman genetik pada gajah sumatera (Elephas maximus sumatranus) dilakukan dalam penelitian ini. Sebuah segmen 630 bp DNA mitokondria diamplifikasi pada 105 sampel gajah Sumatera dari 5 lokasi di Sumatera (Bentayan, Sugihan, Bukit Salero Lahat, Seblat, Way Kambas) dengan menggunakan satu set primer: MDL3 (5'-CCCACAAT-TAATGGGCCC-GGAGCG -3 ') dan MDL5 (5'-TTACATGAATTGGCAGCCA-ACCAG-3'). Tujuan penelitian ini adalah untuk menghasilkan sekuens mitokondria D-loop DNA pada 105 sampel gajah Sumatera yang diteliti ini dan untuk memberikan informasi dan keragaman haplotype dan nukleotida populasi gajah Sumatera. Sebanyak 105 produk PCR berhasil disekuensing sempurna, dengan panjang rata-rata sekitar 616 pasangan basa. Namun, fragmen DNA mitokondria yang digunakan untuk analisis adalah menggunakan 601 panjang basa pertama. Hasil penelitian menunjukkan enam haplotype (BP, BT, BS, BR, BX dan BY) yang diidentifikasi di Sumatera. BX dan BY adalah haplotype baru. Semua haplotipe, kecuali untuk haplotipe BP adalah milik clade Sumatera. The haplotipe BX berasal dari haplotipe BT, dan haplotipe BY berasal dari haplotipe BS oleh satu transversi masing-masing. Substitusi lain dalam jaringan ini adalah transisi. Distribusi haplotipe BP adalah luas yaitu dari Sri Lanka, Sumatera, Semenanjung Melayu dan China. Meskipun dari laporan sebelumnya bahwa didtribusi haplotipe BU ada di Sumatera dan Semenanjung Melayu, namun tidak terdeteksi dalam penelitian ini.Jarak genetik di dalam populasi di Bentayan, Bukit Salero Lahat, Seblat, Sugihan atau Way Kambas berkisar ,0000-0003, adalah jarak genetik antar populasi berkisar antara ,0000-0. 0022. Jarak antar haplotipe populasi gajah Sumatera adalah rendah. Keragaman haplotipe dan nukleotida di pulau Sumatera adalah rendah, yang tertinggi adalah di wilayah Bukit Salero Lahat, sedang yang terenda di Bentayan dan Sugihan. Secara keseluruhan, hasil analisis F Fu dan Li * uji statistik menunjukkan bahwa populasi gajah Sumatera di Sumatera adalah -0,78871, yang berarti tidak terjadi inbreeding (inbreeding negative), namun tidak signifikan pada P> 0:10.
Kata kunci: gajah sumatera, Elephas maximus sumatranus, DNA mitokondria, haplotype
Download full report