Padi merupakan tanaman pangan utama di Indonesia, tetapi penyediaan pangan ini terbentur kendala produksi yang tidak mencukupi kebutuhan, sementara peningkatan produksi padi di Indonesia sudah sampai taraf leveling off. Oleh karena itu perlu dicari alternative pengusahaan yang mengarah ke penggunaan tanah-tanah marginal seperti tanah asam. Kendala utama pada tanah asam adalah kelarutan Al yang sangat tinggi sehingga dapat menghambat pertumbuhan tanaman dan menurunkan produksi. Penggunaan varietas toleran merupakan pilihan terbaik, tetapi pembentukan varietas toleran terkendala oleh keterbatasan pengetahuan tentang mekanisme genetic dan fisiologi yang mendasari karakter toleransi Al pada padi. Kemajuan dan penggunaan teknologi marka molecular lebih ditekankan pada identifikasi gen atau QTL yang mengendalikan karakter toleransi terhadap Al. Penelitian ini bertujuan untuk mengevaluasi apakah marka molekular untuk karakter toleran Al dari rye juga dapat dijumpai pada kultivar padi gogo dari Indonesia. Dua marka molecular, B1 dan B4, digunakan dalam penelitian ini dan hasil penelitian menunjukkan bahwa kedua marka tersebut teramplifikasi sempurna pada padi dan berdasarkan karakter root regrowth telah ditunjukkan bahwa kedua marka tersebut terpaut QTL yang mengendalikan karakter root regrowth sebagai parameter toleransi tanaman terhadap Al. Keberadaan QTL pada segmen kromosom yang dipelajari pada penelitian ini masih perlu diverifiasi lebih lanjut dengan melibatkan peta genetic seluruh genom padi dan menggunakan populasi F2 yang lebih besar ukurannya dari yang digunakan pada penelitian ini.