Source: SEAMEO BIOTROP's Research Grant | 2008
Abstract:
Wabah penyakit avian influenza patogenisitas tinggi telah dilaporkan di Indonesia, menyerang pada beberapa jenis unggas. Wabah tersebut disebabkan oleh virus avian influenza A (VAI) subtipe H5N1. Sejauh ini pathogenisitas VAI diketahui berhubungan dengan adanya konfigurasi asam amino basa multipel pada daerah pemotongan (cleavage site) gen hemaglutinin. Berdasarkan motif asam amino tersebut maka VAI dapat diklasifikasikan sebagai patogenisitas tinggi atau patogenisitas rendah. Dewasa ini telah dilaporkan adanya kasus spesifik yaitu mutasi asam amino arginin menjadi serin pada posisi upstream -6 dari cleavage site, terutama ditemukan pada VAI yang diisolasi pada tahun 2006, di Jawa Barat. Kondisi tersebut memunculkan dugaan bahwa mutasi serupa dapat terjadi pada VAI yang diisolasi dari luar daerah Jawa Barat. Dalam rangka mengungkap fenomena tersebut maka penelitian ini bertujuan untuk karakterisasi gen hemaglutinin, pada fragmen cleavage site VAI yang diisolasi dari berbagai unggas pada tahun 2007 dan 2008. Isolasi,identifikasi dan propagasi dilakukan secara in ovo, untuk memperoleh stok VAI. Identifikasi molekuler gen H5 dan N1 dilakukan dengan reverse transcriptase polymerase chain reaction (RT-PCR), dengan target ampifikasi 246 bp dan 131 bp. Produk PCR kemudian dikarakterisasi dengan sekuensing untuk mengetahui urutan nukleotida pada daerah target. Analisis sekuen VAI yang diteliti menunjukkan adanya dua motif asam amino basa pada cleavage site, yaitu:-PQRESRRKKR//GL- dan –PQRE-RRKKR//GL-. Kedua motif tersebut masih diklasifikasikan sebagai VAI patogenisistas tinggi. Data tersebut sangat menarik karena diperoleh motif dengan delesi asam amino arginin dan mutasi arginin menjadi serin pada posisi upstream -6 cleavage site. Hasil analisis philogenetik pada fragmen gen hemaglutinin yang berdasarkan VAI A/China/GDN01/2006, mengindikasikan bahwa VAI diteliti berasal dari garis keturunan yang sama. Data yang diperoleh dalam penelitian ini membuktikan bahwa mutasi dapat terjadi pada VAI yang diisolasi dari daerah selain Jawa Barat serta menegaskan bahwa VAI terus berevolusi.Download full report