Pada 16-17 Desember 2008, Auditor eksternal dari SUCOFINDO International Certification Services melaksanakan audit di SEAMEO BIOTROP. Tujuan dari audit eksternal ini adalah untuk memastikan bahwa Quality Management System(QMS) perusahaan telah dilaksanakan dan sesuai dengan persyaratan ISO 9001:2000 dan memenuhi syarat sertifikasi. Sebagai tim auditor adalah M. Zakir, Syukraini Suswita dan Dian Indrawaty selaku ketua tim auditor.

Prof. Handoko, Direktur SEAMEO BIOTROP, secara resmi menbuka audit eksternal yang dihadiri oleh seluruh staf BIOTROP.

Tim auditor dibagi menjadi 3 bagian untuk bertugas memeriksa pelaksanaan ISO 9001:2000 di Manajemen Biotrop, Laboratorium penelitian BIOTROP, Unit BIOTROP (Information Resources Unit, Facilities Management Unit, Finance Unit, Human Resource Unit, Information Technology Unit, General Administration Unit), Enterprise Development Center (EDC), MIT, Bagian penelitian dan Herbarium BIOTROP, Rumah Kaca BIOTROP dan Kebun Percobaan BIOTROP.

Eksternal audit terdiri dari beberapa kegiatan diantaranya adalah pengecekan dokumen, kesesuaian dokumen dengan pelaksanaan, instruksi kerja, kelengkapan dokumen, data-data rekaman termasuk laporan kegiatan serta respon dari pelanggan dan juga dokumen pendukung lainnya.